Разница в направлениях: Архитектура, Строительные конструкции, Инженерные сети соответственно. Так же стоит упомянуть и про расчётную программу Robot Structural Analisys. Как-то на вопрос: "почему не сделали сразу одну программу", - мне ответили, мол не бывает хороших программ, которые могут всё. Но лично моё мнение - это просто напросто бизнес, так производитель срубит больше денег. А логики в существовании трёх отдельных программ действительно маловато: к примеру Structure и MEP практически полностью включают в себя функционал Architecture.